국가식물원은 2021년 12월 28일, 국무원의 승인을 거쳐 설립되었다. 중국과학원 식물연구소와 베이징시 식물원에 의거해, 국가임업초원국, 주택·도농건설부, 중국과학원과 베이징시 인민정부가 협력해 설립했다. 

국가식물원은 식물 이전 후의 보호에 중점을 두고, 과학 연구, 과학 보급 교육, 원림 원예, 문화 레저 등의 기능을 갖추고 있다. 

베이징 시산(西山)에 위치한 국가식물원은 남원(중국과학원 식물연구소)과 북원(베이징시 식물원)으로 이루어져 있어 현재 개방 면적은 약 300헥타르이며, 1만 5,000종(종과 이하 분류 포함)의 식물이 수집되어 있다.