중국과학원대학교는 과학과 교육을 융합한 운영 모델로, 석∙박사 교육을 핵심 주체로, 엘리트화 학부 교육을 특색으로 하는 혁신형 대학교이다.
1964년 9월, 중국과학원은 베이징에 '중국과학원대학원(中国科学院研究生院)'을 시범 설립하였다. 2012년 6월, 중국과학원대학원은 중국과학원대학교로 명칭을 변경하였으며, 2014년부터 학부생을 모집하여 학사, 석사, 박사의 3개 학위를 모두 아우르는 고등교육체계를 구축하였다.
중국과학원대학교는 완비된 학과 시스템을 바탕으로 1급 학과 박사학위 과정 42개, 1급 석사학위 과정 54개, 전공학위 과정 16분류를 보유하고 있다. 자연과학 분야의 학과의 비교우위를 유지하고 있을 뿐더러 최근 몇년간 응용학과, 신규 융합학과, 인문, 사회과학과를 지속적으로 발전하고 관리학, 철학, 의학, 심리학, 경제학, 법학 등 학과의 역량도 점차 두드러지고 있다.