1955년에 설립된 중국중의과학원은 과학 연구, 의료, 교육을 융합한 종합성 중의약 연구기관으로 1984년에 정식으로 대학원부가 설립되었다. 2005년 국가 중의약관리국의 비준을 거쳐 중의약 업계의 첫번째 대학원으로 되었다.
고급 중의약 인재를 양성하는 중요 기지로서 중국중의과학원대학원은 중의학, 중약학, 중국·서양 의학 통합 등 3개의 일급 학과가 포괄하는 모든 학과 전공의 박사, 석사 수여권을 보유하고 있으며 임상의학 전공 학위 수여권과 재직 인원 학위 신청 자질을 보유하고 있다. 또한 중국·서양 통합, 중의학, 중약학 등 3개 학과의 박사후 연구소도 운영하고 있다.